上海分院是中國科學院的派出機構，負責聯系和管理中國科學院在上海、浙江、福建地區(qū)的研究院所工作。上海分院始于1950年3月經政務院批準成立的中國科學院華東辦事處，接管并改造了原中央研究院和北平研究院在上海、南京的研究機構，1958年11月成立上海分院，1961年改為華東分院，1970年中國科學院撤消分院體制，1977年11月恢復成立中國科學院上海分院。

　　上海分院系統(tǒng)現有20家機構（含上海分院）：上海微系統(tǒng)與信息技術研究所、上海硅酸鹽研究所、上海光學精密機械研究所、上海應用物理研究所、上海技術物理研究所、上海有機化學研究所、上海營養(yǎng)與健康研究所、分子細胞科學卓越創(chuàng)新中心、腦科學與智能技術卓越創(chuàng)新中心、分子植物科學卓越創(chuàng)新中心、上海天文臺、上海藥物研究所、上海免疫與感染研究所、福建物質結構研究所、寧波材料技術與工程研究所、城市環(huán)境研究所、上海高等研究院、微小衛(wèi)星創(chuàng)新研究院、杭州醫(yī)學研究所。

　　上海分院系統(tǒng)有13個國家重點實驗室、39個中國科學院重點實驗室，并設有中國科學院上海教育基地。