分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心巫永睿研究組與合作者揭示玉米灌漿期的關(guān)鍵細胞亞群

文章來源:分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心  |  發(fā)布時間:2023-11-09  |  【打印】 【關(guān)閉

  

  2023年11月8日,中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心巫永睿團隊和上海師范大學(xué)王文琴團隊在Nature Communications在線發(fā)表題為“Spatial transcriptomics uncover sucrose post-phloem transport during maize kernel development”的研究文章。該研究率先利用空間轉(zhuǎn)錄組方法詳細劃分了玉米籽粒灌漿期不同細胞功能亞群,揭示了光合同化產(chǎn)物從進入籽粒到合成淀粉、蛋白和脂類等儲藏物質(zhì)過程的空間轉(zhuǎn)錄特征。

  玉米是全世界種植最廣泛且最高產(chǎn)的作物之一,年平均產(chǎn)量高達10億噸。玉米籽粒是一個高度復(fù)雜的系統(tǒng),由多達數(shù)百萬個細胞組成,包括來自母體的二倍體種皮,子代基因型的三倍體胚乳以及二倍體的胚組成。構(gòu)成這三種組織器官的細胞在種類和功能上各不相同,但它們相互協(xié)調(diào),形成獨特的微環(huán)境,以維持不同類型的細胞數(shù)量,構(gòu)成有時空差異的功能分區(qū)。比如玉米籽粒灌漿開始前,胚乳細胞要經(jīng)歷活躍的有絲分裂和分化,細胞迅速增殖并形成完整的胚乳組織,主要包括四種細胞類型:胚乳基部轉(zhuǎn)移層(basal endosperm transfer layer,BETL)、糊粉層(aleurone layer,AL)、胚周圍區(qū)(embryo surrounding region,ESR)、淀粉胚乳細胞(central starchy endosperm,CSE)。另外,這幾類細胞還能衍生出一些亞細胞類型:亞糊粉層(subaleurone,SA)、傳導(dǎo)區(qū)(conducting zone,CZ)和基部中間區(qū)(basal intermediate zone,BIZ)。然而上述細胞分類主要基于細胞形態(tài)觀察和數(shù)量極少的特異表達基因,一般轉(zhuǎn)錄組研究得到的基因表達譜缺乏空間信息,研究者對每個細胞群體的具體功能了解非常有限,也制約了對籽粒發(fā)育和灌漿調(diào)控的深入了解,以及優(yōu)異基因的挖掘。因此,我們對玉米灌漿期籽粒進行了顯微切片和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究,不僅實現(xiàn)了高通量可視化所有基因的電子原位雜交圖譜,也鑒定了11個細胞群和332個分子標(biāo)記基因,繪制真正的“玉米籽粒電子原位雜交”和“分子細胞學(xué)”圖譜。此外,我們還系統(tǒng)構(gòu)建了籽粒灌漿時各個組織功能區(qū)發(fā)生的關(guān)鍵事件(信號傳導(dǎo),營養(yǎng)運輸,蛋白、淀粉、脂類合成和存儲等)和全局基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控圖,全面挖掘知之甚少的在信號傳導(dǎo)和營養(yǎng)運輸上發(fā)揮重要作用的關(guān)鍵基因,通過探索它們的生物學(xué)功能,為提升玉米產(chǎn)量和品質(zhì)提供新的基因資源。

  四川農(nóng)業(yè)大學(xué)和上海師范大學(xué)的博士生符語昕和碩士生肖文昕為本文的共同第一作者,上海師范大學(xué)王文琴教授和中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心巫永睿研究員為本文共同通訊作者。上海師范大學(xué)碩士生田浪和吳興國;中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心博士生郭亮星、馬光近、冀晨、副研究員王婕琛、研究員王海海;四川農(nóng)業(yè)大學(xué)黃永財教授、楊桃教授、王際睿教授也參與了合作。本研究得到十四五重大研發(fā)計劃2022YFF1003302(巫永睿和王文琴)和國家自然科學(xué)基金(王文琴32072008和32372068,巫永睿31830063和31925030)的資助。

  文章鏈接:https://www.nature.com/articles/s41467-023-43006-7


實驗原位雜交和電子原位雜交對比圖